Se ganó el estrellato y la fama de mediático en la década de los 90, acosando el narcotráfico en Galicia, vinculando altos cargos del Gobierno del PSOE en el proceso de los GAL, persiguiendo a ETA y su entorno, y dictando una orden de detención para que Augusto Pinochet fuera detenido, en Londres, imputado por cometer crímenes contra la humanidad en Chile.
En 2008, aceptó las denuncias de 20 asociaciones de memoria histórica, que denunciaban las desapariciones forzadas durante el franquismo, de más de 100.000 personas que permanecen enterradas en lugares desconocidos por todo el territorio español. Basándose en el derecho internacional, el juez Baltasar Garzón se declaró competente para investigarlas, como lo había hecho con las dictaduras de Chile y Argentina. Si no hay sorpresas de última hora, a mediados de febrero podría ser definitivamente apartado de la carrera judicial por, supuestamente, haberse saltado la Ley de Amnistía de 1977 aprobada durante la Transición.
Supremo, en Madrid, decenas de personas se concentran con pancartas de apoyo al juez Baltasar Garzón. Los periodistas se amontonan detrás de las vayas montadas por la policía, y se las saltan cuando el único magistrado español imputado por tres delitos de prevaricación (Gurtel, franquismo y los cursos en Nueva York) entra en la Calle del Marqués de la Ensenada, camino de la puerta que lo llevará al banquillo de los acusados.
En su primera declaración por este caso, el día 31 de enero de 2012, Garzón afirmó ante el tribunal que hizo “lo que tenía que hacer”, porque, a su juicio, “eran hechos muy graves que todo juez tiene la obligación de investigar” y rechazó la acusación de haberse saltado la Ley de Amnistía, por considerar que "los crímenes de la naturaleza que se denunciaron no pueden tener carácter político de ningún tipo, son crímenes contra la humanidad".El Tribunal Supremo, con mayoría de jueces conservadores, decidirá si Garzón prevaricó al acogerse al derecho internacional declarándose competente para investigar los crímenes del franquismo. El artículo 96.1 de la Constitución Española, establece, sin embargo: “Los Tratados internacionales válidamente celebrados, una vez publicados oficialmente en España, formarán parte del ordenamiento interno. Sus disposiciones solo podrán ser derogadas, modificadas o suspendidas en la forma prevista en los propios Tratados o de acuerdo con las normas generales del Derecho Internacional”.
